Berkembangnya Islam di Indonesia tak bisa dipisahkan dengan keberadaan pondok pesantren. Lembaga pendidikan Islam Nusantara ini terus berkembang dengan aneka "varian", ada yang tradisional, ada yang modern, ada pula yang memadukan keduanya, namun tetap tidak meninggalkan akarnya, yakni menekankan pendidikan agama dan akhlakul karimah.

Pondok pesantren adalah lembaga pendidikan khas Nusantara, bisa dilihat dari nama-nama pondok pesantren legendaris yang rata-rata tak menggunakan bahasa asing. Sebut saja Pondok Pesantren Tegal rejo, Lirboyo, Tremas, Tebuireng, Sidogiri, Buntet, Genggong, atau Langitan. Ada yang namanya menggunakan bahasa asing (Arab) tapi tetap penyebutannya di mata masyarakat kental Nusantara misalnya Pondok Pesantren Sarang, Pesantren Ploso, Pesantren Asembagus atau Pesantren Denanyar. Bukan berarti ulama Nusantara alergi dengan nama berbahasa Arab. Rata-rata nama pondok pesantren Nusantara menggunakan bahasa Arab, namun ada ciri khas, yakni kalimatnya selalu mengandung hikmah, misalnya Darul Ulum, Nurul Jadid, Miftahul Ulum, Mamba'ul 'Ulum, Darussalam atau Riyadlus Shalihin, jarang menggunakan nama-nama yang "berat". Kalaupun pesantren menggunakan nama seseorang, umumnya lebih memilih menisbatkan pada sosok Walisongo atau ulama lokal karena dirasa lebih membumi.

Jati diri pondok pesantren adalah inklusif, terbuka terhadap modernitas dan ramah terhadap tradisi lokal, keberadaannya berbaur dengan masyarakat sekitar, dan selalu membuka komunikasi dengan pemerintah atau Umara'. Selain sebagai lembaga pendidikan, pondok pesantren juga berperan sebagai lembaga sosial. Banyak pondok pesantren yang bergerak di bidang sosial mangasuh anak-anak yatim dan menyantuni kaum lemah. Perkembangan terkini pondok pesantren mulai banyak yang terlibat menggerakkan ekonomi umat, contohnya Pondok Pesantren Sidogiri Pasuruan dengan Koperasi Pesantren, juga bertumpu pula pada pengembangan lembaga keuangan mikro Syari'ah yaitu Baitul Maal wa Tamwil; Pondok Pesantren Al Amin Prenduan yang mendayagunakan ekonomi bahari di Pulau Madura, Pondok Pesantren Al Ittifaq Bandung yang mengembangkan budidaya agribisnis, Pondok Pesantren Arrisalah Ciamis yang mengembangkan perikanan dan masih banyak lagi yang lainnya. Oleh sebab itu keberadaan pondok pesantren selalu diterima oleh masyarakat, karena selalu membawa manfaat.

Aktivitas para santri di dalam lingkup pondok pesantren sangat padat. Ada dua jenis kegiatan inti di dalam pesantren, pertama kegiatan ma'hadiyah yakni kegiatan yang diselenggarakan di lingkup pesantren seperti kajian kitab-kitab salaf yang diasuh langsung oleh pengasuh/kiai pesantren dan ustadz-ustadz senior, shalat berjamaah, shalat sunnah, istighotsah, tahfidz (hafalan), kegiatan bahtsul masa'il yaitu diskusi membahas permasalahan agama, dan banyak lagi. Kedua, kegiatan madrasiyah, adalah kegiatan belajar pengajar klasikal di dalam madrasah diniyah, yang memiliki jenjang pendidikan mulai ibtida'iyah (dasar), tsanawiyah/wustha (tengah) hingga aliyah/ulya (tinggi) dengan menerapkan kurikulum pesantren, seperti hukum Islam (fiqih), hadits, tafsir Al-Qur'an, gramatika bahasa Arab (nahwu-sharaf), akhlak, tasawuf sampai sastra Arab. Untuk menempuh keseluruhannya dibutuhkan bertahun-tahun lamanya. Belum lagi kegiatan kursus-kursus dan ekstra lainnya.

Makanya aneh jika ada pihak yang mengkaitkan pondok pesantren dengan ekstremisme. Di pesantren tidak ada kurikulum merakit bom atau belajar menggunakan senjata api. Tuduhan ini mungkin karena pengetahuan yang bersangkutan tentang pesantren nihil. Atau bisa jadi akibat ulah segelintir kaum yang memanfaatkan kelonggaran mendirikan lembaga pesantren lalu dijadikan sebagai kedok untuk menyalurkan praktik beragama yang ekstrem. Pesantren model seperti ini umumnya tertutup dari masyarakat sehingga patut dikatakan pesantren "abal-abal", mendompleng nama besar institusi pesantren untuk kelompoknya yang segelintir.

Pesantren yang keberadaannya tertutup dari masyarakat bukanlah pesantren yang sebenarnya, sebab pesantren yang hakiki berdirinya tidak lepas dari sumbangsih masyarakat, dibuktikan masyarakat sekitar yang mempercayakan buah hatinya dididik di Pesantren tersebut dan keberadaannya diakui oleh pemerintah setempat.

Di pondok pesantren ajaran Islam disampaikan secara transformatif, bukan melalui doktrin. Diskusi dan kajian kitab yang berat pun disampaikan dengan suasana cair, diselingi humor dan tidak kaku. Di pesantren keragaman khazanah pendapat para ulama yang bertebaran dalam kitab-kitab ditelaah, sehingga para santri sedari awal sudah mengenal dengan perbedaan tafsir.

Mayoritas Pondok Pesantren saat ini memiliki unit pendidikan formal, semua ini demi memenuhi kebutuhan masyarakat akan pentingnya pendidikan, meskipun ini sebenarya tanggung jawab negara. Banyak unit pendidikan formal didirikan secara mandiri oleh pondok pesantren mulai dari taman kanak-kanak sampai perguruan tinggi. Unit-unit pendidikan formal tersebut menggunakan kurikulum Pemerintah (Kementrian Agama atau Kementrian Pendidikan) sebagaimana umumnya. Tenaga pengajarnya kebanyakan dari masyarakat sekitar Pesantren.

Pemerintah RI telah menetapkan tanggal 22 Oktober sebagai Hari Santri Nasional, ini meneguhkan bahwa pondok pesantren tak hanya bagian dari Islam, tapi juga bagian dari Indonesia.